军用机场

位于扎芬特姆的机场历史可回到1940年，当时纳粹德国占领军规定要赔赏布鲁塞尔以东的农地600公顷（1500英亩），地点接近比利时军队后备机场“Steenokkerzeel”。德军建造了三条跑道，形成一个三角形，其中两条跑道（02/20跑道和07L/25R跑道）还在使用，另外一条跑道（12/30跑道）已经消失。机场建筑物在德军占领区内建造，接近Melsbroek直辖市，而不是在扎芬特姆，所以当地人会称这机场为Melsbroek机场，德国人会称"Fliegerhorst Melsbroek"。这个机场曾有一个现代传说，就是在德军在选择地方建机场时，曾经问过当地人，当地人便指向现时机场位置，但其实那位置是时常大雾的。

军民两用机场

在1944年9月3日，在Melsbroek的德国基础设施交由英国管理。当时因为位于哈伦的旧民用机场太小，比利时当局决定去在Melsbroek建造一个新的国家机场。到1948年，一位新的客运大楼建成，并取代旧有的木制建筑物。同年，02/20跑道和07L/25R跑道都分别延长至1,200米（3,900英尺）和2,450米（8,040英尺），而12/30跑道并没有延长，维持跑道长1,300米（4,300英尺）。在1948年7月20日，Melsbroek的民用机场由摄政王查里宣布正式启用。在1948年至1956年间，机场内加设了许多设施与建筑物，大部分位置都是在Melsbroek的那一边。

在1955年，连接布鲁塞尔市中心和机场的一条铁路线落成。并在1955年5月15日由博杜安一世宣布启用。另外，连接鲁汶、列日与机场的铁路线在2005年12月12日启用。

在1956年，一条长2,300米（7,500英尺）的跑道建成，并命名为07R/25L跑道，与07L/25R跑道平行。跑道现在还在使用，而且还延长至3,200米（10,500英尺）。在1956年4月，比利时内阁决定去建造一个新机场，使用现有的跑道，但是机场建筑物并建在扎芬特姆直辖市。在1957年4月，开始建造新的客运大楼，准备1958年布鲁塞尔世界博览会。建造通道连接12/30的草地跑道。新机场在1958年7月5日启用，日子接近博览会开幕日期。因此在历史上，扎芬特姆机场的启用日期为1958年7月5日。顺带一题，位于Melsbroek的机场建筑物还在使用，现时是让比利时空军（第15航空运输联队）使用，也被称为Melsbroek机场。两座机场使用相同的跑道。

商业航空发展至现在

在60至70年代，商业航空的发展非常快，所以机场也在这时建造了数个机库。并在1976年建造了一个货运站。在1994年，机场建造了一个新的客运大楼，去取代了1958年建成的客运大楼。两个旧的码头被新的和现代化的码头取代。在2002年，萨贝纳航空倒闭之后，航站楼A启用了，初时负责神根公约国家的航班，直至2008年10月15日，改为负责目的地非洲的航班（位置T闸口）。

在2007年，机场的客运量为1780万，比2006年上升7%。货运量为78万公吨，比2006年上升8.9%。在2008年，机场的客运量为1850万，比2007年上升3.7%。

萨贝纳航空的倒下，曾大幅影响客运量，但之后慢慢地回复过来。而机场的未来是关乎弗兰德政府和布鲁塞尔首都大区争议有关夜间航线。

一个建造新的码头给予低成本航空公司的计划正在进行，位置大约是在南码头的附近。现时，数间低成本航空公司，包括瑞安航空和威兹航空，都设立目的地于布鲁塞尔南机场，距离布鲁塞尔40公里（25英里）。

在2009年3月，机场内旧有的，使用机械式运作的航班信息显示系统，被电子显示屏取代。

在2009年9月，机场管理公司的首席执行官Wilfried Van Assche辞职。基中一个（非官方）原因是延迟建造低成本航空公司的客运大楼和与52间航空公司的税收歧视诉讼。在2010年2月，阿尔诺费斯特成为新的机场管理公司的首席执行官。而公司总裁是Luc Van den Bossche（前比利时政府部长）。